Es gibt drei Formen des Flüchtlingsschutzes: das Asylrecht für politisch Verfolgte, den Schutz nach der Genfer Flüchtlingskonvention sowie den subsidiären Schutz.

Der Asylsuchende muss, um Asyl oder den Flüchtlingsstatus nach der Genfer Flüchtlingskonvention zu bekommen, eine begründete Furcht vor individueller Verfolgung aufgrund seiner Rasse, Religion, Nationalität, politischen Überzeugung oder Zugehörigkeit zu einer bestimmten sozialen Gruppe glaubhaft machen.

Subsidiärer Schutz wird beispielsweise gewährt, wenn einer Person Folter oder unmenschliche Behandlung, die Todesstrafe oder eine konkrete Gefahr für Leben, Leib oder Freiheit drohen, etwa infolge willkürlicher Gewalt in einem bewaffneten Konflikt oder aufgrund einer im Herkunftsland nicht behandelbaren schweren Krankheit.

Wenn ein politisch verfolgter Flüchtling über ein Land einreist, das als sicher gilt, erhält er in Deutschland kein Asyl. Als sichere Drittstaaten gelten die Mitgliedsstaaten der Europäischen Union sowie Norwegen und die Schweiz. Den Flüchtlingen wird die Einreise nach Deutschland verweigert oder sie werden in den Drittstaat zurück abgeschoben.

Menschen, die in Deutschland Asyl suchen, stellen beim Bundesamt für Migration und Flüchtlinge einen Antrag auf Asyl. Dort werden die Personalien aufgenommen und der Flüchtling erhält eine Aufenthaltsgestattung. Das Bundesamt für Migration und Flüchtlinge nimmt den Asylantrag auf und der Asylbewerber erhält einen Termin zu einer sogenannten Anhörung, wo er die Gründe für die Flucht aus der Heimat vorträgt. Dann wird darüber entschieden, ob dem Bewerber Asyl gewährt wird. Dieser Prozess kann viele Monate - teilweise sogar Jahre - dauern.

Für die Dauer des Asylverfahrens erhält der Asylbewerber eine Aufenthaltsgestattung. Diese ist auf den Bezirk beschränkt, in dem die zuständige Aufnahmeeinrichtung liegt – die sogenannte Residenzpflicht. Einige Bundesländer haben die Residenzpflicht inzwischen aufgehoben. So können sich etwa Asylbewerber in Berlin und Brandenburg seit einigen Jahren in beiden Bundesländern ohne Einschränkung bewegen.

Anerkannte Flüchtlinge erhalten eine Aufenthaltserlaubnis für drei Jahre und auch eine Arbeitserlaubnis. Das Bundesamt für Migration und Flüchtlinge kann in diesen drei Jahren die Schutzberechtigung widerrufen, etwa wenn dem Flüchtling im Heimatland keine Verfolgung mehr droht. Wird der Schutzstatus nicht wiederrufen, kann ihnen nach drei Jahren eine unbefristete Niederlassungserlaubnis gewährt werden. Diese kann nicht widerrufen werden.

Wird kein Asyl gewährt, erhält der Flüchtling einen Ablehnungsbescheid und die  Aufforderung zur Ausreise sowie eine Abschiebungsandrohung. Dabei wird eine Frist von 30 Tagen gesetzt; bei "offensichtlich unbegründeten" Anträgen beträgt die Frist sogar nur eine Woche. Als offensichtlich unbegründet wird ein Asylantrag gemäß § 30 Asylverfahrensgesetz abgelehnt, wenn der Asylvortrag widersprüchlich und nicht substantiiert genug war oder erst bei drohender Aufenthaltsbeendigung gestellt wurde. Gegen die Abschiebung kann der Asylbewerber innerhalb einer Frist entsprechend der Ausreisefrist vor dem Verwaltungsgericht Klage einreichen.

Ein Abschiebungsverbot gilt, wenn dem Flüchtling bei einer Rückkehr in die Heimat erhebliche Gefahr droht. Ein Abschiebungsschutz wird gewährt, insbesondere wenn die Gefahr einer wesentlichen gesundheitlichen Verschlechterung droht, z.B. weil im Heimatstaat die medizinische Versorgung fehlt.

Solange ein abgelehnter Asylbewerber nicht abgeschoben werden kann, erhält er eine Duldung. Grund kann ein von den Innenministern verhängter Abschiebestopp sein oder das Fehlen von Identitätspapieren (Reisepass). Diese Duldung gilt maximal sechs Monate und kann jederzeit widerrufen werden. Nach Angaben der Diakonie Deutschland lebten Ende 2013 rund 94.500 Personen im Duldungsstatus - etwa 10.000 von ihnen schon seit mehr als 15 Jahren. Für geduldete Personen gelten erhebliche Einschränkungen von Teilhaberechten wie etwa beim Zugang zum Arbeitsmarkt und sozialen Leistungen. Sie unterliegen ebenfalls der Residenzpflicht.

In der Vergangenheit gab es sogenannte Altfallregelungen: Flüchtlinge, die seit mehreren Jahren in Deutschland geduldet wurden, konnten unter bestimmten Bedingungen ein Bleiberecht erhalten. Sie mussten vor einem bestimmten Stichtag eingereist sein, die deutsche Sprache sprechen, ihren Lebensunterhalt selbst sichern und straffrei geblieben sein. Derzeit gibt es keine gültige Regelung, da diese Altfallregelung ausgelaufen ist

Derzeit erarbeitet das Bundesinnenministerium eine Bleiberechtsregelung, die stichtagsabhängig ist. Auch hier ist das Bleiberecht an strenge Bedingungen geknüpft. Es gibt jedoch bereits eine stichtagsfreie Bleiberechtsregelung für Jugendliche und Heranwachsende und für qualifizierte Geduldete.

Nach § 23 des Aufenthaltsgesetzes können die obersten Landesbehörden (etwa die Senatsverwaltung für Inneres) aus völkerrechtlichen oder humanitären Gründen oder auch zur Wahrung politischer Interessen der Bundesrepublik Deutschland eine Aufenthaltserlaubnis anordnen. Allerdings muss diese Anordnung mit dem Bundesinnenministerium abgestimmt werden. Ehemals geduldete Personen, die ein Bleiberecht erhalten haben, bekommen eine Aufenthaltserlaubnis nach dieser Vorschrift.