1. Durchlässigkeit
Mit der Reform wurde die Probezeit auf dem Gymnasium von einem halben Jahr auf ein Jahr verlängert. Kritiker finden die Probezeit auf dem Gymnasium generell ungerecht, weil das Gymnasium dadurch eine elitäre Note behalte, die ISS dagegen die so genannten Rückläufer aufnehmen muss - also die Schüler, die das Gymnasium nicht schaffen.
An der ISS gibt es weder Probezeit noch Sitzenbleiben. Letzteres sehen nach einem Zwischenergebnis der BERLIN-Studie vor allem Eltern kritisch, weil sich die Länge der Schulzeit nicht mehr an die individuellen Leistungen ihrer Kinder anpassen lässt. Allerdings ermöglicht das Berliner Schulgesetz auch an den ISS Ausnahmen von der Regel: In "besonders begründeten Fällen" können Jahrgangsstufen wiederholt werden. Befürworter der Gemeinschaftsschule finden die Reform inkonsequent: Die soziale Selektion bestehe auch im zweigliedrigen System weiter.
2. Bessere Leistungen?
Vorbehalte gegen das neue System gab es von Anfang an: Die schwachen Schüler könnten untergehen, weil sie dem Unterricht nicht mehr so gut folgen können wie in den kleineren Klassen, die es an den Hauptschulen gab. Die guten Schüler könnten schlechtere Leistungen bringen, weil sie sich an ein niedrigeres Niveau anpassen müssen. Befürworter dagegen hoffen, dass der Leistungsdurchschnitt insgesamt höher liegt, die Abschlüsse besser und die Schulabbrecher seltener werden. Was sich am Ende bewahrheitet, ist noch nicht klar: Die Ergebnisse von begleitenden wissenschaftlichen Studien stehen noch aus.
3. Ausstattung
Die Vereinigung der Schulleiter in der GEW kritisiert, dass Lehrer an Sekundarschulen mit Hauptschulklientel größere Klassen als früher unterrichten müssen. Zudem seien bei der Umstellung unter großem Zeitdruck Entscheidungen über Baumaßnahmen getroffen worden, die nicht immer sinnvoll waren.